בשנים האחרונות, משבר המים של ישראל החמיר בהדרגה. יש מספר סיבות למחסור במים: ישראל היא אזור צחיח למחצה עם מספר מועט של מקורות מים; רמת החיים עולה ויחד איתה כמות צריכת המים לאדם. על כך נוספו מספר שנים רצופות של בצורת.
לישראל יש שלושה מקורות עיקריים של מים: הכנרת, אקוויפר ההר ואקוויפר החוף. לרשות המדינה עומדת גם קק"ל, שהגדילה את משק המים בשיעור כה גבוה, עד שזכתה לכינוי "האקוויפר הרביעי של ישראל".
צילום: אנצ'ו גוש
המאמץ הראשון של קק"ל לעמידה באתגר משבר המים של ישראל היה בניית מאגרי מים. נכון להיום, בסיוע ידידיה ברחבי העולם, בנתה קק"ל מעל ל-240 מאגרי מים ממוחזרים ומאגרי שיטפונות. מאגרי המים הממוחזרים הם למעשה השלב הסופי בתהליך מורכב של טיהור מי שפכים, שכולל פירוק מזהמים, סילוק חלקיקים צפים על ידי שיקוע ואיחסון המים המטוהרים במאגרים, משם אפשר לשאוב אותם לצורכי השקייה. נכון לשנת 2012 סיפקו המים במאגרים, שבנתה קק"ל, כמחצית מהמים לצריכה חקלאית בישראל, וחסכו מים טריים יקרי ערך לשימוש ביתי.
במהלך השנים השתפרה טכנולוגיית המאגרים והפכה יעילה ומתוחכמת יותר, כתוצאה ממחקר ופיתוח בקק"ל.
בשנת 1984 קיבלה קק"ל החלטה אסטרטגית להיות מעורבת בשיקום נחלים. החלטה זו הופכת משמעותית במיוחד לאור העובדה שהמשרד להגנת הסביבה בישראל הוקם רק בשנת 1988. עד אז קק"ל לקחה על עצמה את האחריות לשקם נחלים וסביבתם, שכולל סילוק מזהמים, שיקום ועיצוב נופי, שימור קרקע, פיתוח פארקים, פריצת שבילים ותמיכה במחקרים למציאת דרכים לשקם את המערכות האקולוגיות סביב הנחלים. ניתן לראות את העדות לפעילותה של קק"ל בנחלים ובנהרות רבים בישראל דוגמת נחל אלכסנדר, פארק איטליה, הירקון, נחל קישון, נחל חרוד, נחל נעמן ונחל הבשור.
זמנים משתנים מביאים עמם אתגרים חדשים. היום קק"ל ניצבת בחזית תחום שימור המים בישראל מתוך חשיבה מחוץ לקופסה, ובשימוש בטכנולוגיות מים חלוציות שיש להן פוטנציאל להשפעה חיובית על משק המים של ישראל, ויישומן באזורים מעוטי מים אחרים בעולם. דוגמה אחת היא הביופילטר, פרויקט חדשני שבו מי גשמים מן הערים מטוהרים לרמת רענון אקוויפרים מרוקנים. הביופילטר משתמש במספר שכבות טיהור עשויות מצמחייה ובקטריות לטהר מי גשמים, שמכילים רמה גבוהה של מתכות וחומרים רעילים אחרים. ירון זינגר, מנהל הפרויקט, משוכנע שבתוך שנים מעטות הביופילטר יוכל למלא מחדש את אקוויפר החוף של ישראל, שרובו הזדהם בשנים האחרונות, לרמה שבה המים אינם ראויים לשימוש.